La Diócesis nace con el nombre de Arica, la crea el recordado Papa Juan Pablo II, mediante la Bula “Qua tenemur Graviter”, el 29 de agosto de 1986, siendo sus primeros Obispos, los ya fallecidos jesuitas Don Ramón Salas Valdés y Don Renato Hasche Salas, como también Don Héctor Eduardo Vargas Bastidas, salesiano, todos de recordada memoria. 

Sin embargo, la Iglesia hunde sus raíces algunos siglos atrás, cuando un grupo de Frailes Dominicos que acompañaban a Diego de Almagro, toman posesión de esta tierra, celebrando la primera misa a los pies del Morro, en la Fiesta de San Marcos Evangelista, el 25 de abril del año del Señor de 1536. 

 En estos casi cinco siglos, la comunidad cristiana de Arica ha pertenecido a la Diócesis del Cuzco, a la Diócesis de Sucre, a la Diócesis de Arequipa, a la Vicaría Castrense de Chile y, por último, de la Diócesis de Iquique, de la cual se desmembró el año 1959 por decisión del Papa Juan XXIII, quién mediante la Bula “Quibus a Deo”, la transformó en Prelatura Nullius. Siendo este el primer paso hacia su transformación en Diócesis.

Para este delicado y fundamental proceso de consolidación de la futura diócesis, la Santa Sede nombró Primer Administrador Apostólico al Padre jesuita don Miguel Squella Avendaño. Paralelamente, el mismo año, y por expresa petición del entonces presidente de la República, don Carlos Ibáñez del Campo, llega a esta tierra la primera comunidad de religiosos de la Compañía de Jesús, con la finalidad de hacerse cargo de la entonces única Parroquia de Arica, y que dejaban los Padres Capuchinos, asumiendo entonces como Párroco el P. Alejandro Lamas.

Los hijos de San Ignacio de Loyola llegaron a esta tierra el 28 de agosto de 1959, solo cuatro días después que los Padres Vicentinos se despidieran de Arica, haciendo entrega a la naciente Prelatura, el actual Colegio San Marcos, institución que ellos mismos habían fundado. 

En aquellos tiempos, la ciudad de Arica tenía por límites el río San José al norte, la calle Tucapel al oeste, el Morro al sur y el mar al este, muy distante de lo que es la realidad geográfica de la región en la actualidad.

La Iglesia presente hoy en la Provincia de Arica y Parinacota ha acompañado, a lo largo del tiempo, la vida, angustias y esperanzas de esta tierra y su gente. Ha compartido también, y experimentado en carne propia, las alegrías de una historia profundamente rica y diversa, marcada por el encuentro de razas, culturas y nacionalidades. Del mismo modo, ha afrontado pruebas y desafíos significativos, especialmente durante los últimos siglos de su caminar, donde no han faltado el sufrimiento, la persecución e incluso el martirio en tiempos de guerra.